Neben der Dauerausstellung in 11 Räumen werden vom Museumsteam auch
Sonderausstellungen veranstaltet.

Der Heimatbund veranstaltet  im August 2025 eine große Sonderausstellung:

"600 Jahre Brauerei- und Wirtshauskultur in Marktl und Stammham"

Anläßlich der 600-Jahrfeier wurden im Heimatmuseum über 30 Originalurkunden und Schriftstücke von 1399 bis 2023 gezeigt. Zu den Exponaten zählten u.a. eine Original-Papsturkunde sowie viele prächtige  Pergamenturkunden z.B. über die Verleihung des Erbrechts an die Burglehenbesitzer zu Marktl und die Verleihung des Marktwappens und weiterer Privilegien.

Bei der Sonderausstellung 2023 zeigte das Museum über 40 ausgewählte Objekte, die zum Bereich "besondere Kostbarkeiten und Kuriositäten" zählen. 

Die Sonderausstellung im Jahr 2022 erinnerte mit vielen Original-Fotos an die 500-Jahrfeier im Jahr 1925, die wohl das größte Ereignis in der Geschichte des Markts Marktl war. Als Hauptattraktion wurde im Juni 1925 ein historisches Freilichtfestspiel über die Verleihung der Marktrechte durch Herzog Heinrich den Reichen im Jahr 1422 aufgeführt.

In der Sonderausstellung 2011 wurde mit vielen Objekten (Schulzeugnisse ab 1812, Schulfotos ab 1900, alte Schulbücher und Schulhefte, Schulbänke, etc.) die lange und interessante Schulgeschichte Marktls dargestellt.

Mit dieser Sonderausstellung im Jahr 2009 im Heimatmuseum wollte der Heimatbund Marktl den Wandel der Brautmode zeigen. Anhand von vielen Hochzeitsfotos, -Geschenken und -Erinnerungsstücken von ca. 1866 bis 2009 sowie mehreren Original-Brautgewändern und Hochzeits-Accessoires wurde die Entwicklung der Brautmode, vor allem vom schwarzen zum modernen weißen Brautkleid eingehend dargestellt. 

Im Jahr 2004 veranstaltete das Heimatmuseum nach 10 Jahren Pause wieder eine große Krippenausstellung mit über 20 sehenswerten Exponaten. Viele handwerklich und künstlerisch begabte Heimatbundmitglieder und Bastler aus Marktl und Umgebung zeigten ihre schönsten, selbstgefertigten Weihnachtskrippen. Im Mittelpunkt stand das von Josef Gaßner original- und maßstabsgetreu nachgebaute Forstergütl, das hier als Weihnachtskrippe inszeniert wurde. 

In einer großen Sonderausstellung im Bürgersaal präsentierte der Heimatbund Marktl im Jahr 2002 unzählige archäologische Funde aus den Jahren 2000-2002. Unter der Leitung des Landesamtes für Denkmalpflege und in Zusammenarbeit mit dem Kreisheimatpfleger und Heimatbund Marktl wurde von mehreren Sondengängern systematisch die Keltensiedlung Leonberg untersucht. Viele, teilweise einzigartige Münzen und Trachtenbestandteile aus der Spätlatène-Zeit wurden in Vitrinen den vielen Besuchern gezeigt. Heute befinden sie sich in der Dauerausstellung des Heimatmuseums.